奮起湖駅は単に林鉄の中継地点であるだけでなく、他の二つの主要車庫とともに、列車が無事に山岳区間を運行できるよう整備を行う拠点でもありました。開業当初は山を登るのに9時間かかりました。竹崎駅で機関車を交換した後、木履寮、樟脳寮、独立山、梨園寮を通って、奮起湖駅に到着しました。奮起湖駅は、嘉義駅と阿里山駅の間にある最大の駅で、すべての列車がここで補給や検査を行いました。また、一部の列車はここで機関車を交換してから阿里山へと向かいました。

阿里山林業鉄路は、当初、木材運搬を主な目的として建設されましたが、輸送能力の向上とともに、荷物や人を運ぶようになりました。奮起湖駅は、阿里山で採れた産物を集めたり、載せ換えたりする集散地となりました。当時の貨物列車にはハヤトウリ、干したけのこ、桃やスモモなどの果物が積まれていました。また、行商人が生活用品を売りに奮起湖へとやってくることもありました。貨物輸送は奮起湖の村に商業の発展をもたらしたのです。