奮起湖站，不僅位居轉接的地位，也是分攤其他2個主要車庫業務的重要機務據點，讓火車在登山線中能夠順利行駛。早期上山需要9個小時，在竹崎換機關車頭後，經過木履寮、樟腦寮、獨立山、梨園寮，來到奮起湖站。奮起湖站是嘉義站至阿里山站的最大中途站，行經的列車，都需要在本站進行補給與檢查，部分列車會更換火車頭後再繼續前往阿里山。

阿里山林業鐵路最初以木材運輸為主要目的，然而運輸功能的提升，在增加貨運與客運後，奮起湖車站成為各式山產輸出的集貨點與轉運站，當時貨運的車廂可以看到佛手瓜、筍干、桃李水果等山產，也有些賣民生雜貨的商販乘坐火車來到奮起湖做生意，由此可看出貨運的流通，為奮起湖聚落帶來繁榮的商業發展。